2月20日，国务院发布《国务院办公厅关于加强鲜活农产品流通体系建设的意见》，提出要完善农产品税收政策，免征蔬菜流通环节增值税，这一举措进一步降低了农产品流通环节的成本，成为物流行业的一大利好。
国家发改委经贸司副司长耿书海在接受《中国投资》采访时表示，增值税是鲜活农产品在流通环节的主税，同时，也是大企业进入农产品流通领域的一大障碍，增值税免征不仅有利于平抑农产品价格波动，还有利于农超对接的真正实现。
同时，他也表示，该政策是对国务院《物流产业调整与振兴规划》以及《关于促进物流业健康发展政策措施的意见》的具体落实，接下来有关部门还将抓紧完善物流企业营业税差额纳税试点办法，进一步扩大试点范围；完善土地使用税政策，减轻物流企业负担；在进行试点的基础上，全面推广物流行业营业税改增值税政策。
解决农超对接瓶颈问题
耿书海表示，免征蔬菜流通环节增值税，是国家发改委大力推动的一项政策。国务院办公厅在2011年8月19日发布《关于促进物流业健康发展政策措施的意见》(以下称《意见》中就提出，根据物流业的产业特点和物流企业一体化、社会化、网络化、规模化发展要求，统筹完善有关税收支持政策；抓紧开展农产品增值税抵扣政策调整试点，妥善解决农产品进项税抵扣中存在的问题。
耿书海介绍，目前我国对农民自产自销的农产品免征增值税，对小规模纳税人按销售额的3%核算缴税（一般为定额征收），实际税负很低，甚至基本不缴税。而对规模化经营的一般纳税人（年销售额80万元以上）按销售额的13%抵扣进项税额后缴纳，虽然允许其凭农民专业合作社开具的发票或自行开具的收购发票进行抵扣，但在操作中由于税务部门为避免征管漏洞设定了很多限制（如不能跨省开具收购发票、规定发票限额等），手续繁琐，缴税成本高，抵扣困难，造成大型流通企业实际税负过重，甚至超过10%。这样，大公司大企业从事农产品流通业与小规模经营户税负严重不平等，无法开展公平竞争，从而限制大公司大企业从事农产品流通业。
“因此在免征蔬菜流通环节增值税过程中，受益最大的还是大型商超和将蔬菜配送到大型超市、卖场的蔬菜配送企业”，耿书海表示。
业内人士表示，对于一家年营业额在1000万左右的蔬菜配送公司，如果免交增值税，一年就可以节约超过100万元。
耿书海指出，这项政策还有助于熨平农产品价格波动。近年来我国多地出现“菜贱伤农”和“菜贵伤民”交替局面。而“农超对接”有助于解决该问题。“农超对接”是发达国家普遍采用的现代流通方式。欧洲的蔬菜80％都是通过十几家大型连锁超市销售出去的，超市与农民合作社签订购销合同，合作社按照合同组织农民进行生产，并按照不同的时间和品种组织收购，生产出来的蔬菜经简单加工包装预冷处理后直接配送到超市销售，环节少，规模大，成本低，按订单生产，产销衔接紧密，价格非常稳定，蔬菜从农场售出价格和超市价格一般相差20%左右，不存在“卖难买贵”和价格大起大落的问题。但目前这种方式在我国仅占全部农产品流通量的15%左右，70%以上的鲜活农产品要经过农民经纪人——产地批发市场——销地批发市场——农贸市场等多个环节，才能进入最终消费，经营的规模小，成本高，造成零售价格较收购价格成倍上涨。目前我国鲜活农产品的流通80%主要依靠小规模的农民经纪人、个体户和小贩，缺乏大规模的大公司和大企业。以北京新发地农产品批发市场为例，注册经销商达5500个，其中75%为个体户，经营主体规模小，数量多，且流动性大，品牌建设滞后。
虽然政府部门组织经常引导大型超市进行产销对接，要求“农超对接”试点企业积极履行社会责任，把采购价格维持在合理水平。但这种仅凭政府行政指令所达成的农超合作只能应急而无法长效，治标而不治本。农户迫切希望获得稳固的销售渠道，以求在变幻莫测的农产品市场中取得稳定的收益；而规模较大的连锁超市也希望寻求稳固的生鲜供应链。“通过税收等经济政策引导农超有效对接，将稳定农超合作关系，而大型企业的介入，将会成为熨平整个市场物价大起大落的长效机制”，耿书海表示。
落实物流支持政策
2009年3月国务院印发《物流业调整和振兴规划》国发(2009)8号文以来，我国物流业快速发展，产业发展水平不断提升。2010年与2008年对比，我国物流业增加值净增7000亿元，社会物流总费用与GDP的比率下降0.3个百分点，等于创造了1200亿元的经济效益。但物流业期盼已久的配套性政策迟迟未能出台。
其中，税收是物流企业最为关心的问题。为落实国务院《物流业调整和振兴规划》，受国家发改委委托，中国物流与采购联合会于2009年进行“物流业发展政策措施研究”，其中，关于物流业税收问题的10条建议被列在首位，如：营业税税率不统一和重复纳税问题、土地使用税税率偏高问题、房产税税率偏高和重复纳税问题以及所得税统一缴纳问题等。
2011年6月8日，国务院总理温家宝主持召开国务院常务会议，研究部署促进物流业健康发展工作，提出了推动物流业发展的8项政策措施。其中针对这些税收政策方面存在的问题，提出3项措施，一是扩大税收试点。二是研究解决仓储、配送和货运代理等环节与运输环节营业税税率不统一问题。三是完善大宗商品仓储设施用地的土地使用税政策。自国务院2006年年底《城镇土地使用税暂行条例》颁布以后，一些地方大幅度提高了土地使用税税率，令物流企业特别是占地面积大的仓储型企业不堪重负。
而2011年8月19日国务院发布的《关于促进物流业健康发展政策措施的意见》又再次重申了切实减轻物流企业税收负担，“抓紧完善物流企业营业税差额纳税试点办法”，“进一步扩大试点范围”，“尽快研究解决仓储、配送和货运代理等环节与运输环节营业税税率不统一的问题”，“研究完善大宗商品仓储设施用地的土地使用税政策”。
耿书海表示，国务院数次发布促进物流业发展政策，强调大力发展现代物流业，凸现出我国物流业发展面临新的形势和机遇。《关于促进物流业健康发展政策措施的意见》下发后，国家发改委积极协调，制定了贯彻落实政策措施的部门分工意见，以国务院办公厅名义印发，以保证政策措施落到实处。2012年，国家发改委将进一步做好各项政策落实的督促工作，抓紧编制全国物流园区发展规划和物流业中长期发展规划（2012—2020）。另外，从2005年开始，国家发改委就组织专家审核了6批、593家企业纳入营业税差额纳税试点，接下来，国家发改委还将抓紧完善物流企业营业税差额纳税试点办法，进一步扩大试点范围，并全面推广。