5月25日，“深圳市土地管理制度改革综合试点”正式启动，而获批方案中涉及小产权房的条目颇为引人瞩目。如原农村土地“依现状、依改造”进行确权；在“房地合一”体系内，探索房地权利分离条件下的管理制度，探索土地权益书、作价入股等补偿模式等，破解确权难题。
截至2011年年底，深圳小产权房违法建筑达到37.94万栋，建筑面积达4.05亿平方米，是深圳市总建筑面积的49.27%。而确权的标准如何设定，对这些小产权房的影响巨大，定得太窄容易引发众多不满，定得太宽则是变相鼓励违建。方案提到将“依现状、依改造”等路径确权，显示政府很可能会尊重现状。
深圳探索将取得怎样的成果，目前尚不得而知。但是在清理小产权房热潮下，更多的人已经开始思考治理小产权房的根本之道。2月29日，全国工商联房地产商会旗下的REICO工作室曾对外发布《我国小产权房问题研究：问题与出路》的报告。该报告估算，1995-2010年我国小产权房建筑面积累计约为7.6亿平方米，相当于同期城镇住宅竣工面积总量的8%。
据该工作室吴亚平博士分析，多方利益牵涉使得小产权房有了独特的生存空间。小产权房直接在集体土地上开发建设，土地未经征用走招拍挂流程，不必缴纳土地出让金和相关税费，土地成本近乎为零，较低的售价对于购房人很有吸引力。
对于村(镇)政府来说，建设小产权房获得的超额利益远远高于征地补偿费；对于农民来说，分享的土地增值收益也高于征地补偿；对于开发商来说，不必支付巨大的土地出让金，且可以在小产权房的开发所获利益中按比例分成。
在多位业内专家看来，小产权房屡禁不止，归根到底在于城乡二元土地制度下的利益驱使。而城乡二元土地制度的改革呼声和大势所趋，又给小产权房的合法化留下了无限的想象空间。
承认现实平衡利益
采访中，清华大学经济学院蔡继明教授向记者表示，许多小产权房是村集体之间通过整合集体所有的建设用地和宅基地，然后再在整合之后的集体土地上建设的。“既然法律认可的农村集体建设用地是为了增加农民（包括集体）的非农业收入，为什么不允许农民通过用于房地产开发获得更高收入呢？对于建立在农村集体建设用地上的小产权房，要承认其合法性”。
他认为，这类小产权房，或者是村民在自己的宅基地上将平房改建成楼房从而提高了容积率后产生的，或者是村集体通过整合集体建设用地和宅基地，在保证村民居住条件不变甚至改善的情况下，在节省出来的集体土地上建设的。
因此，在他看来，承认这类小产权房的合法性，不仅有助于促进农村集体建设用地的节约集约使用，而且有助于农民实现土地的财产收入，从根本上说，是有利于保护而不是损害农民集体土地的产权。蔡继明同时指出，这类小产权房的建设必须符合城乡规划和建筑标准，在政府解决小产权房的整套方案公布之前，对于尚未列入城乡统一规划就已经建设的小产权房，虽然不存在违反规划问题，但也必须符合建筑标准。而在政府解决小产权房的整套方案公布之后尚未建设的小产权房，必须等到做出规划后才能建设。
在蔡继明看来，小产权房的合法化无疑会减少地方政府土地出让金收入，但随着小产权房进入市场，城市大产权房的价格会趋于合理，从而使部分中低收入居民也能买得起或租得起房，这就会减轻政府提供保障性住房的压力，从而减少政府的财政支出，同时也会降低农民工进城落户的住房门槛，有助于提升真实的城市化水平，从根本上缓解民工荒的压力。这显然是一个多方共赢的小产权房解决方案。
对此，山东财经大学房地产研究所所长郭松海建议，对原开发的小产权房分门别类，逐步予以合法化。对在原建设用地上开发的小产权房，除可在当地农村办理集体土地使用权登记外，也可依据一定程序办理城镇房产土地登记。
第一，对符合城市规划和土地规划、在农村集体建设用地和宅基地上建设的房地产，属于一般住宅建筑项目的，经合法程序，可将其纳入住房保障体系之中。在郭松海看来，在农村购买小产权房的，多是城市里买不起高价房的中低收入家庭，为此，可参照城镇经济适用房、限价房的政策，将这类小产权房转为社会保障住房，并对购房人通过核准身份，核查城市住房档案资料，补办手续，补缴土地出让金、税费等，获得国家颁发的房屋产权证，供自住使用，限期内不得上市。
第二点，则是对于符合土地利用规划、质量合格但尚未出售的小产权房，可以考虑由政府按成本价收购，作为当地的公租房、经济适用房等房源，以弥补保障房供应之不足，同时可减少政府对保障房的土地和资金投入。
第三，符合城市规划和土地规划、在农村集体建设用地和宅基地上建设的房地产，属于别墅和高档公寓的建筑项目，除补缴土地出让金、税费外，还要对购买者进行罚款，其罚款总金额应为：近地段同类商品房的价格减去其购买小产权房的成本。
深化土地产权变革
深究下来，蔡继明认为“深化土地产权变革，给予农村土地真正完整的产权”才是小产权房最终的出路所在。在他看来，农村的集体建设用地（包括宅基地），应该和城市的国有建设用地具有同样的权利，并按照同样的市场原则定价。
城市居民的宅基地，虽然是国有，但是其使用权可以出租，抵押，继承和转让，而农村居民的宅基地（使用权）却既不能出租、抵押，又不能继承、转让；城市居民的住宅可以卖给出价高的任何人，而农村居民的住宅不能卖给出价更高的城市居民；这既违反了同地、同权、同价的原则，又限制了居民迁徙定居的自由。应该实行国有建设用地和集体建设用地“统一市场”，达到“同地、同权、同价”。
对于如何完善中国农村宅基地流转制度，郭松海认为集体用地中的宅基地使用权，作为物权应当享有自由流转的权利，这是农民的财产权利。但考虑到宅基地的社会保障功能，出让人必须向政府土地主管部门出具本人拥有的新房产证明；同时要对购房者的资格进行审查，仅允许城市中低收入者为解决生活困难，满足自住的需要购房，禁止高收入者在农村购置后改建别墅。
郭松海还建议，对集体建设用地进行合理规划，逐步建立城乡统一建设用地市场。及时总结成都、重庆等地全国统筹城乡综合配套改革试验区的实践经验，逐步推进农村集体建设用地市场化改革，通过规划管理，逐步放开规划内建设用地及荒地对其流转的限制，允许农村集体建设用地直接进入一级土地市场流转，建立城乡统一建设用地市场。